Sveti Ivan se rodio u Pomuku, staro ime za današnji Nepomuk, u zapadnoj češkoj, negdje između g. 1340. i 1350. Otac mu se zvao Velfin i bio je po svoj prilici mjesni načelnik.
Prve sigurne povijesne podatke o svecu imamo iz g. 1370., kad je kao praški klerik obavljao već službu javnog bilježnika. Narednih je godina bio pisar i bilježnik svih akata iz raznih postupaka u uredu generalnih vikara nadbiskupije. Za svećenika je zaređen oko g. 1380., a još iste godine imenovanjem čak iz Rima postavljen za župnika Sv. Gala u Pragu. U isto vrijeme obavljao je i službu tajnika i bilježnika nadbiskupa Ivana Jenštejna. Sve to govori da je bio izvanredna ličnost, kad je već kao mlad svećenik mogao obavljati tolike dužnosti.
Da bi stekao što više kvalifikacija, dao se i na studij prava pa je u Pragu g. 1381. zadobio akademski stupanj bakalaureata. Zatim je pošao na daljnji studij prava u Padovu. Ondje bi godine 1386. izabran za rektora studenata, koji su bili rodom s onu stranu Alpa. Već sljedeće godine postade doktor prava. Vrativši se u Prag, imenovan je kanonikom zborne crkve Sv. Egidija, a g. 1389. zadobi kanonikat i u crkvi Sv. Petra i Pavla u Višegradu. G. 1390. iz župe Sv. Gala prijeđe za arhiđakona u Žatec.
Najvažnija i najodgovornija služba koju je u životu obavljao bila je da je postao generalni vikar energičnoga i pobožnoga nadbiskupa Jenštejna. Bilo je to baš u rujnu 1389. kad se razmahala tragična borba između nadbiskupa i despotskog kralja Vjenceslava IV., koji je nasilno želio prisvojiti crkvena dobra i postati potpuni gospodar Crkve u Češkoj.
Posljednja faza borbe između kralja i Crkve bila je u jesen 1392., kad je kralj, potpirivan od svojih savjetnika, strašno divljao protiv klera. Neustrašivi je nadbiskup javno prosvjedovao protiv kraljeve samovolje, no unatoč tome jedan je kraljev službenik dao smaknuti trojicu klerika. Kralj još uvijek nije mirovao, već je pošto-poto htio ograničiti nadbiskupovu vlast. Htio je jednostavno podijeliti teritorij Praške nadbiskupije i nakon smrti benediktinskog opata Raceka iz Kladrubyja osnovati ondje novu biskupiju te joj staviti na čelo svoga pouzdanika Vjenceslava Kralika iz Burenica. Bilo je to nevjerojatno uplitanje u posve crkvene unutarnje poslove.
Međutim, kad je stari opat umro početkom g. 1393., monasi su izabrali novog opata u osobi monaha Olena. Ivan Nepomuk, generalni vikar, po nadbiskupovoj naredbi, a protiv izričite kraljeve volje, potvrdio je 7. ožujka 1393. izbor novoga opata. Kralja je to raspalilo pa je zatvorio i Nepomuka i neke druge svećenike. Svi su oni bili podvrgnuti mučenju u kojem je sudjelovao sam kralj s bakljom u ruci. Ipak su pušteni na slobodu pošto su prije morali prisegnuti da će o svojoj torturi šutjeti. Iznimka je bila s Ivanom Nepomukom. On se kralju, valjda zbog svoga velikog ugleda, činio najopasnijim. Zato ga je kralj u noći s glasovitog mosta Karla IV. dao baciti u Vltavu i tako Ivan pogibe kao mučenik.
Tijelo mu je pronađeno te sahranjeno najprije u crkvi Svetog Križa uz rijeku, a kasnije preneseno u katedralu Sv. Vida u Pragu. Posjetitelji te divne gotske katedrale u njezinoj desnoj lađi mogu još i danas vidjeti mučenikov grob na kojem piše: Iohannes de Pomuk.
Papa Benedikt XIII. proglasio je 19. ožujka 1729. u Lateranskoj bazilici Ivana Nepomuka svecem i to mučenikom ispovjedne tajne. Međutim, njegovo je štovanje već davno prije bilo veoma prošireno i to ne samo u Češkoj, već i izvan njezinih granica. Iako je na temelju pouzdanih povijesnih izvora glavni razlog svečeve mučeničke smrti bio potvrđivanje opata u Kladrubyju, ne može se posve isključiti ni to da je bio kraljičin ispovjednik i kao takav čuvao pred ljubomornim kraljem ispovjednu tajnu ne htijući otkriti kralju išta od onoga što je doznao u ispovijedi